Если порт устанавливает сценарий на языке shell, который служит для запуска другой программы, и если запуск этой программы является последним действием сценария, убедитесь, что запуск программы производится с использованием выражения exec, например:

#!/bin/sh
exec %%LOCALBASE%%/bin/java -jar %%DATADIR%%/foo.jar "$@"

Выражение exec заменяет процесс сценария на указанную программу. Если exec опущен, то процесс сценария во время работы программы остается в памяти, бесполезно потребляя системные ресурсы.