Заставьте ваш порты удалять пустые каталоги при удалении. Обычно это достигается добавлением строк @dirrm для всех каталогов, которые создаются этим портом. Вам нужно удалить подкаталоги до того, как вы сможете удалить родительские каталоги.

 :
lib/X11/oneko/pixmaps/cat.xpm
lib/X11/oneko/sounds/cat.au
 :
@dirrm lib/X11/oneko/pixmaps
@dirrm lib/X11/oneko/sounds
@dirrm lib/X11/oneko

Однако, иногда @dirrm будет выдавать ошибки, потому что другие порты используют тот же самый подкаталог. Вы можете использовать @dirrmtry для удаления только пустых каталогов без выдачи предупреждений.

@dirrmtry share/doc/gimp

Эта команда не выведет никаких сообщений об ошибках и не вызовет аварийного завершения работы pkg delete (см. pkg-delete(8)), даже если каталог ${PREFIX}/share/doc/gimp не пуст из-за того, что другие порты установили сюда какие-то файлы.

Пустым каталогам, создаваемым во время установки порта, нужно особое внимание. Они не будут созданы при установке пакета, потому что пакеты содержат только файлы, а pkg add и pkg install создают для них каталоги по мере надобности. Чтобы убедиться, что пустой каталог создается при установке пакета, добавьте эту строку в pkg-plist перед соответствующей строкой @dirrm:

@exec mkdir -p %D/share/foo/templates