Не пишите ничего в файлы вне каталога WRKDIR. Каталог WRKDIR является единственным местом, которое гарантированно будет доступно для записи во время построения порта (обратитесь к главе об установке портов с CDROM за примером построения портов из дерева, доступного только для чтения). Если вам нужно изменить какой-либо из файлов pkg-*, сделайте это, переопределив переменную, но не перезаписывая их.