Большинство современных версий FreeBSD уже имеют поддержку IPsec. Вероятно, Вы должны будете лишь добавить опцию IPsec в конфигурационный файл ядра, и после сборки и инсталляции нового ядра, сконфигурировать соединение IPsec с помощью команды setkey(8).

Более подробно о том, как запустить IPsec во FreeBSD можно прочесть в Руководстве пользователя.